macOS Sierraにて起動を確認したもの一覧です。
※起動を確認したのみで、全ての操作を試したものではありません。
※環境：MBP Late2013 / El Capitanからのアップデート
※20161019追記
イラレCS6で、印刷不可
Sierra/イラレCS6/Canon MG3130無線にて、
印刷しようとすると、「選択されたページは空です」とダイアログが出て
印刷不可

・Adobe CC
・App Clearner（アプリアンインストーラ？） – ver2.2.3
・Bean（テキストエディタ） – ver 3.2.5
・Blender（3Dモデラー/レンダラー） – ver2.74
・Calq（ホットキー呼び出しの電卓） – ver1.4.6
・ClipStudio Paint（ラスター描画）- ver1.5.2
・Como（ウインドウ動作をOS9同様に） – ver1.5
・Double Both（ホットキーでポインタ座標と画面上に十字カーソル表示） – ver2.2.5
・Echofon（Mac用Twitterクライアント） – ver1.8.7
・FileZilla（FTP）- ver3.21.0
・mi（テキストエディタ） – ver1.2.12r5
・Microsoft Office 2008 for Mac
・Parallels Desktop（仮想デスクトップ） – Ver 12.0.2
・PTH pasteBoardPro（複数クリップボード） – ver4.5.7
・Shade （3Dモデラー/レンダラー） – ver14.1.3
・Autodesk SketchBookPro（ラスター描画） – ver5.5.5
・ステアーマウス（汎用マウスドライバ） – ver4.2.3
以下条件付き
・HHKB Lite2 for Mac（PFU Happy Hacking Keyborad lite2 for Mac用ドライバ）-ver3.0
　“macOS Sierra の対応について
　　Q1 Happy Hacking Keyboard の macOS Sierra への対応予定を教えてください。
　　A1
　　　Happy Hacking Keyboard のドライバを、macOS Sierra でお使いの場合、
　　　Ejectキーが動作しない不具合を確認しております。
　　　また、Ejectキー押下後にキーボードの入力ができなくなります。
　　　その場合には、キーボードコネクタ（USB）の抜き差しにより復帰させてください。
　　　Professional BT につきましては、macOS Sierra で問題なくご使用になれます。
　　　ドライバの macOS Sierra への対応予定は、10月下旬を予定しております。”
　https://www.pfu.fujitsu.com/hhkeyboard/hhkb_support/faq_macos_sierra.html
・Adobe CS6 Illustrator/Photoshop
　“リカバリーモードでの作業，Rootless の一時的無効化など，
　　やや高度な作業が出てきます。作業手順を間違えると起動できなくなったり，
　　セキュリティリスクに晒されたりといった危険性があります。
　　また，この手順で CS6 が起動できたとしても，それは
　　Adobe のサポート外の“裏技”に過ぎません。
　　作業はくれぐれも自己責任で行ってください。”
　https://doratex.hatenablog.jp/entry/20160921/1474401468